农学院前身为1958年成立的内蒙古农牧学院农学系。1988年原农学系分设为农学系和园艺系，1999年由原内蒙古农牧学院农学系、园艺系和原内蒙古林学院植物生理、植物遗传育种、植物保护教研室合并组建成为现在的农学院，2019年农学院分设为农学院和园艺植保学院，是学校组建院（系）早、办学规模大的学院之一。学院现有教职员工56人，其中教授14人，副教授15人，高级实验师2人，已取得博士学位的30人，其中有2人入选自治区新世纪“321”人才工程，5人入选自治区教育厅“111”人才工程；3人被评为自治区有突出贡献中青年专家、深入生产一线突出贡献人员，6人被评为自治区“草原英才”，特聘院士2人。学院设有农学、植物科学与技术、种子科学与工程3个本科专业。设有作物学一级学科博士学位授权点（自治区重点一级学科），作物栽培学与耕作学（自治区重点学科）、作物遗传育种（自治区重点学科）、植物学（理学）3个二级学科博士学位授权点。设有作物学一级学科和植物学、作物栽培学与耕作学、作物遗传育种、种子科学与技术4个二级学科硕士学位授权点。学院有作物学、生物学2个博士后科研流动站，设有“内蒙古自治区作物栽培与遗传改良重点实验室”1个。